El sistema de justicia indígena o derecho indígena ha dejado de llamarse derecho consuetudinario porque se ha entendido que tiene autoridades, normas, procedimientos y sanciones o medidas de reparación; es decir no es una forma de aplicar justicia de manera clandestina. Las autoridades que la aplican tienen sus propias sedes comunitarias en donde la población llega a buscar solución a sus conflictos.

El derecho indígena aunque comparte con el sistema de justicia oficial el tener autoridades, normas, procedimientos y formas de solución de determinados conflictos no debe ser comparado con las instituciones jurídicas que se desarrollan en el sistema estatal. Muchas veces se pretende que en el sistema de justicia indígena se conozcan los casos por materia penal, civil, familia, etc., lo cual no es posible porque generalmente la justicia indígena se basa en problemas vinculados con el territorio, aunque tampoco es una situación aplicable a todos las formas de impartir justicia desde los pueblos originarios. Algunas autoridades también conocen casos relacionados con muerte violenta de personas, secuestros y violaciones que son considerados delitos graves.

Con lo anterior, se evidencia que en Guatemala se vive el pluralismo jurídico, porque cada comunidad o pueblo tiene su propia forma de impartir justicia. De esa cuenta tampoco es dable comparar las formas de impugnar una decisión de las autoridades. Mientras que en el sistema jurídico estatal hay diferentes instancias para que se revisen las decisiones tomados por las y los juzgadores, en el derecho indígena es la Asamblea Comunitaria la que puede conocer un caso calificado como grave pero no es una forma de revisar una decisión adoptada por la autoridad indígena. El derecho indígena existe y seguirá existiendo a pesar de los prejuicios en su contra.